2000年10月,南航经济与管理学院正式更名,下设三个系,分别为管理科学与工程系、工商管理系、贸易经济系;并建有系统工程研究所、企业战略研究中心、国防软科学研究所、工业工程研究中心、经济研究中心、金融工程研究所、软件工程研究所、电子商务研究所、人力资源研究中心和市场咨询与策划中心等研究、咨询机构。进入新世纪,经济与管理学院顺应国家经济建设与改革的需要,在教学、科研、学科建设各个方面正以只争朝夕的精神和昂扬的步伐阔步前进。学院现有在校本科生 1600 余人,硕士生 506 人,博士生 176 人、博士后 10 人;工程硕士和研究生课程进修班学员 500 余人。
学院素以治学严谨、管理有序、学生成绩优异著称。 1984 年被航空工业部确定为航空企业厂长经理培训基地, 1985 年被航空工业部确定为全国5个总经济师培训中心之一, 1997 年被国家经贸委确定为大中型企业领导干部工商管理培训基地, 2001 年被国家经贸委确定为全国 56 所具有企业管理培训资格的院校。 1984 年以来,已为国家培养本科生近 4000 人,博士生、硕士生 600 余人,博士后 3 人。许多毕业生已成为高等学校、科研单位和企业的学术、技术或管理骨干,为我国现代化建设事业作出了重要贡献。一批校友已经在科研、管理实践中崭露头角,不少人在企事业单位和政府机关担任重要领导职务。