南京航空航天大学经济与管理学院的前身为管理工程系，始建于1984年；1989年更名为管理系，设有工商管理教研室、系统工程教研室、人机工程教研室、生产管理教研室及一批研究室和实验室等；1993年成立工商学院，下设9个教研室及一批研究室、实验室；2000年10月，更名为经济与管理学院。
目前，学院设有管理科学与工程系、信息管理与电子商务系、工商管理系、会计学系、贸易经济系、金融学系等6个系；设有江苏省后评价研究中心、工业工程中心、系统工程研究所、灰色系统研究中心、企业战略研究中心、人力资源研究所、金融工程研究所、市场营销中心、区域经济研究中心、国防软科学研究所、技术经济研究中心、软件工程研究所和公共政策研究中心等一批科学研究机构，并建有基于不确定性模型的复杂系统研究平台、IBM实验室和人机工程、物流工程、信息管理系统、经营管理决策模拟、市场营销、国际经济与贸易、电子商务、会计信息系统、金融工程等专业实验室。