2006年5月新成立的动物科技学院拥有畜牧学、兽医学和水产学三个一级学科。临床兽医学“重庆市市级重点学科”,预防兽医学“重庆市重点建设学科”。现有1个水产养殖(与生命科学院共有)博士学位点,7个硕士学位授权点,4个本科专业。其中包括畜牧学、兽医学两个一级学科硕士学位授权点及其下属6个二级学科硕士点,1个水产养殖学二级学科博士点和1个水产养殖学硕士学位点,学院导师还可在生物化学与分子生物学、细胞生物学、微生物学、动物学、生理学等博士和硕士专业招收和培养研究生,还拥有兽医硕士,养殖领域、渔业和草业领域农业推广硕士4个专业硕士学位招生权,目前学院现有全日制在校硕、博士研究生和专业硕士生296人。
学院设有动物科学、动物医学、水产养殖学和草业科学4个重点本科专业(一本),其中动物医学专业为“西南大学品牌专业”、已列为教育部特色专业建设。水产养殖学专业为“西南大学特色专业”,以上专业分别由动物科学、动物医学、水产科学和草业科学4个系进行日常教学和管理工作,由动物科学、动物医学和水产养殖3个校级建制实验室整合而成的动物科学实验教学中心承担实验课教学和实习工作,(该中心于2007年7月评为重庆市级实验教学示范中心,2008年通过评审成为西南大学首个国家级实验教学示范中心)学院目前有全日制重点本科在校生717人。学院具有雄厚的办学实力和比较完善的校内外教学实习基地,投资200多万元建成的“全封闭工厂化水产养殖系统”、计划投资500多万建设的“动物医院”等教学实习基地。形成了以研究生教育、重点本科教育为主体的较为完善的动物类高等教育人才培养体系,人才培养成效显著。我院毕业生主要在相关行业的国营、民营企业、事业单位、政府机构从事管理、教育、科研、开发、销售等工作。自改革开放以来,已为国家培养了约5000多名毕业生,我国是一个农业大国,由于畜牧业和水产业在我国农业产业中占有三分之一的比重,加上毕业生过硬的素质赢得了社会的青睐,社会对我院毕业生的需求十分旺盛,就业率历年保持在95%以上,研究生考取率30%以上,一直名列学校各专业前茅,毕业生均供不应求。